Tavallisella pokémonilla on yleensä kaksi värivaihtoehtoa, "normaali" ja shiny. Shinyt pokémonit ovat hyvin harvinaisia. Niitä voi saada tapahtumista, safarilta ja joskus myös sattuman kautta. On olemassa myös pokémoneja, joiden normaalissa värityksessä on useita vaihtoehtoja (esim. Floette, Vivillon, Minior) tai useita eri kokoja (esim. Pumpkaboo, Gourgeist). 

​

On olemassa myös erityisiä, uniikkeja pokémoneja, joiden väri eroaa niiden muista lajitovereista merkittävästi. Näitä kutsutaan värimuunnelluiksi pokémoneiksi. Sellaisen voi saada esimerkiksi tapahtumasta, tai käyttää tietyn esineen normaaliin pokémoniin jolloin se muuttuu värimuunnelluksi.